1990 m. bibliotekos administracijai, pasitelkus Kultūros ministerijos bei Nacionalinės M. Mažvydo bibliotekos specialistus teko ginti vaikų bibliotekas. Absurdiška mintis išnaikinti vaikų bibliotekas, nes neva kiekviena mokykla turi po biblioteką, tuometiniams miesto kultūros valdininkams pasirodė išganinga.
Iki 1993-iųjų bibliotekos administracija su Spaudinių tvarkymo ir komplektavimo skyriumi, 30 tūkst. egz. Mainų fondu bei visa ūkio dalimi kraustėsi iš vienų patalpų į kitas keturis kartus. Minėtų metų pabaigoje jie buvo perkelti į avarines buvusio vaikų darželio patalpas. 2001 m. šie padaliniai buvo perkelti, nors ir į laikinas, bet jau tvarkingas patalpas Bendruomenių rūmuose.
1996 m. Viešajai bibliotekai buvo priskirti du bankrutuojantys knygynai nešildomose avarinėse patalpose.
1998 m. biblioteka gavo pirmuosius 2 kompiuterius. 1998 m. Viešosios bibliotekos direktorei Aurelijai Matulevičienei buvo suteiktas Labiausiai nusipelniusio panevėžiečio vardas kultūros srityje.
1999 m. uždarius vieną iš knygynų, suremontuotose patalpose atidarytas Smėlynės filialas, kito knygyno patalpose buvo įkurdinta „Židinio“ biblioteka. Vėliau atnaujintos ir maksimaliai pritaikytos lankytojų patogumui „Šaltinėlis“ patalpos.
Gerą postūmį miesto bibliotekų kaitai turėjo 1999 m. parengta Lietuvos bibliotekų modernizavimo programa, vėliau – Informacinės visuomenės plėtros programa. Keli sėkmingi Viešosios bibliotekos projektai atvėrė kelią į interneto erdves Informacijos (2001) bei Vaikų literatūros skyrių (2002), Smėlynės ir Parko bibliotekų (2002) lankytojams.